Parmi ces derniers, les plus fréquents (pour 10 à 40 % des personnes vaccinées) sont une rougeur ou une douleur au point d’injection. D’autres symptômes peuvent également être observés chez 5 à 10 % des vaccinés : fièvre, douleurs musculaires ou légères nausées.

Ces réactions sont bénignes et disparaissent au plus tard après quelques jours.

Lorsque la vaccination provoque une allergie, il est rare que celle-ci donne lieu à des éruptions cutanées, des œdèmes, de l’asthme et il est encore plus rare d'observer une réaction allergique immédiate (choc anaphylactique) suite au vaccin. Le syndrome de Guillain-Barré, une maladie autoimmune, est observé 1 fois sur un million de personnes vaccinées alors qu'il se manifeste beaucoup plus fréquemment chez les personnes atteintes de la grippe.